Existen varias teorías de los orígenes del Bonsai, pero la más aceptada es que se deriva de una práctica ritual de monjes chinos, sobreviven algunos grabados y pinturas que muestran arboles en bandejas o Bonsai, palabra japonesa para árbol en bandeja, o mejor como su traducción literal cultivo en bandeja.
En Japón existen registros de hace 800 años de la presencia de Bonsai, en las culturas china y japonesa, fue considerado como la unión o el vinculo entre lo terrenal y lo espiritual.
Posteriormente fue considerado un símbolo de nivel social o estatus, existiendo restricción para su cultivo y tenencia. No fue hasta después de la segunda guerra mundial que empezó la popularización del Bonsái en Occidente.